Es liegt definitiv an den .msf Dateien.
Dies sind auf jeden Fall auf einem System vorhanden, auf dem Thunderbird verwendet wird.
Nachdem man sie gelöscht hat, Thunderbird neu gestartet hat, und auf den jeweiligen Inbox-Ordner klickt, wird die msf Datei neu erstellt. Dies dauert dann etwas.
Danach sollte diese Datei repariert sein, und das erneute Anzeigen des jeweiligen Ordners ist wieder so schnell wie gewohnt.

Es gibt mehrere Unterverzeichnisse, die .msf-Dateien enthalten: Local Folders und für jedes Mail-Konto. Der übergeordnete Ordner heißt Profiles und liegt

bei Win9X in C:\\Windows\\Anwendungsdaten\\Thunderbird\\… und
bei WinXP in C:\\Dokumente und Einstellungen\\(username)\\Anwendungsdaten\\thunderbird\\profiles\\default\\…

Danach versuch doch einfach mal die Ordner zu komprimieren. Gehe im Menü auf File / Datei –> Compact Folders / Komprimiere (oder so, hab die englische Version) Ordner. Das schmeißt alles raus, was du eigentlich schon längst gelöscht hast. Dadurch wird deine Inbox-Datei kleiner und es sollte schneller gehen.